El templo ocupa el punto más alto de la localidad, en el extrarradio de la villa, y sale al encuentro de los romeros que, en este pueblo, inician su andadura por el Camino de Santiago leonés.

Desde su abandono en 1835, el deterioro se ha ido acomodando en sus muros hasta llegar a un estado semirruinoso sobre el que ahora se trabaja para devolver el esplendor y convertir el santuario en sede del Centro de Documentación del Camino de Santiago.

Esta iglesia constituye uno de los denominados 'hitos' de la Ruta Jacobea. Ésta, el Puente Villarente, la Colegiata de San Isidoro (León) y la iglesia de Santiago (en Villafranca del Bierzo) son enclaves que el peregrino va buscando en su recorrido alertado ya de su belleza, historia o importancia; pero no por ello pierden la capacidad de sorprender.

El templo guarda la consonancia con la arquitectura románico-mudéjar que define el pueblo de Sahagún. Los orígenes de esta iglesia se remontan a la visita que en 1245 el rey Alfonso X hace a la localidad. Entonces, a petición de los frailes franciscanos, da luz verde a la construcción de un convento para la orden allí donde antiguamente existió un reducto penitencial conocido como San Juan de la Penitencia. En 1257 se dan por concluidos los trabajos y se fecha la fundación del convento franciscano.

Sobre aquel edificio se han realizado diversas reformas y añadidos a lo largo de los años. De la cimentación exterior destacan los paramentos del siglo XIV que todavía hoy se conservan. En el interior domina la austeridad propia de esta orden con una única concesión al exceso, la pintura que cubre el presbiterio en la que se narra el 'abrazo de Roma' que simboliza el hermanamiento entre franciscanos y benedictinos, no muy bien avenidos en este pueblo durante años.

En esta iglesia se encuentra la capilla funeraria del caballero Diego Gómez de Sandoval que falleció en 1455. En el interior de la misma se conservan varios paños de yesería.

En los últimos años, y a raíz de las obras de rehabilitación para el futuro Centro de Documentación del Camino de Santiago, se han hallado importantes restos. Destaca una momia, cuya procedencia está siendo investigada en el Museo de Antropología de Valladolid, así como un sello del papa Gregorio XIV.