San Marcos es hoy buque insignia de la red nacional de Paradores. Sus orígenes se remontan al siglo XII, cuando el Reino de León estaba gobernado por Alfonso VII. Su hija, la infanta Sancha de Castilla, lleva a cabo una donación dirigida a la construcción de un edificio, modesto, fuera de la ciudad amurallada y cercano a las aguas del Bernesga, para ser destinado a templo-hospital para peregrinos.

Este edificio fue derribado en el siglo XVI. Con una donación de Fernando El Católico se levanta una nueva construcción que se prolongará hasta dos siglos más adelante.

El resultado fue uno de los monumentos más reseñados del renacimiento español, con fachada plateresca y secuelas de otros estilos. La iglesia es expresión del gótico hispano tardío.

Ahora es iglesia y parador de gran lujo, pero antes fue prisión (aquí estuvo recluido Francisco de Quevedo), instituto de segunda enseñanza, hospital penitenciario, escuela de veterinaria, parada de sementales, campo de concentración de presos republicanos durante la contienda civil española y la posguerra, sede de la Diputación, Diócesis o ministerio de Guerra, entre otros usos.